凹凸（おうとつ）は、名詞として使われる。
凸凹（でこぼこ）は、形容詞や形容詞、形容動詞で使われる。
英語ではunevennessとなります。
ニュアンス的な雰囲気は同じですが、細かい定義は違いそうです。
話し言葉のなかで使われるが、文章（書き言葉）として使われるかにも差がありそうです。
音読みか訓読みかも違いのひとつですね
「凹凸」（おうとつ）の意味と特徴
物や土地の表面がならされていなくて、起伏や高低がある状態を指す言葉で、あくまでも形状の変動に限定されていて数や量の変動には使われません。
読み方は音読みになります。
また、話し言葉のなかで使われることは少なく、文章（書き言葉）として使われこのまま漢字で表記されます。
英語ではunevennessとなります。
「凸凹」（でこぼこ）の意味と特徴
物や土地の表面がならされていなくて起伏や高低がある状態を指す以外に、数や量の不ぞろいさも表します。
読み方は訓読みになります。
また、凹凸と違い話し言葉でも文章（書き言葉）としてでも使われます。
このまま漢字で表記されることもありますが、凹凸と違い「でこぼこ」や「デコボコ」など仮名表記も一般的です。
英語ではunevennessとなり、凹凸と凸凹の差異はありません。
「凹凸」と「凸凹」の用例
凹凸（おうとつ）
・この道の凹凸は大きい
・あなたが塗った壁には凹凸が見られます。
・凹凸レンズ
・月の表面の凹凸の模様
・ふっくらした凹凸
凸凹（でこぼこ）
・凸凹コンビ
・凸凹な山道
・あの道は凸凹ですね
・この缶の表面はちょっと凸凹しています。
・凸凹の多い川底
・凸凹の地面をならす
・彼のテストの点数は凸凹です
。
ぶつかって車が凸凹になりました
ややこしくなります
漢字が入れ替わることで意味の変わることはよくあります。
例えば「和平」や「平和」、「身長」に「長身」などです。
でも、凹凸と凸凹は本当に感じで書いているとわかりにくいですね、凹凸は音読みなので中国から本来ある読み方？凸凹は訓読みなので日本独自の表記？などと勝手に思ってしまったりしました。
漢字で書くと本当にわからなくなるので。
凹凸（おうとつ）は漢字で、凸凹は仮名がよいでしょうか